Ústav dějin lékařství zahájil svoji činnost na 1. lékařské fakultě Univerzity Karlovy na počátku 20. let 20. století. Již tehdy se stal vlastníkem historické knižní sbírky, která byla v průběhu 20. a na počátku 21. století dále rozšiřována. V současnosti tento soubor čítá přes 2500 svazků, díky čemuž je tím největším a nejvýznamnějším z historických fondů 1. LF UK. Obsahuje rukopisy, inkunábule, staré tisky a další vzácné tisky z 19. a počátku 20. století. Ústav též vlastní sbírku disertací pražské lékařské fakulty z 16.–19. století, z níž byla starší část zařazena do historického fondu, zatímco mladší část lze nalézt ve fondu běžném.
V letech 2016–2018 proběhla katalogizace všech tisků uložených v historické sbírce Ústavu dějin lékařství a cizích jazyků, které byly vytištěny do roku 1650. Jedná se celkem o více než 300 tisků obsažených ve více než 200 svazcích. V rámci nich 3 tituly pocházejí z 15. století, přes 200 titulů z 16. století a přes 100 titulů z 1. poloviny 17. století. Všechny záznamy příslušných tisků lze nalézt v Centrálním katalogu UK, jejich souhrnný katalog lze stáhnout v textové podobě.
